Sekretariat mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi. 

Untuk melaksanakan tugas, Sekretariat mempunyai fungsi : 
a. mengoordinasikan pelaksanaan Reformasi Birokrasi; 
b. mengoordinasikan kegiatan; 
c. mengoordinasikan penyusunan rencana program dan anggaran; 
d. pengumpulan dan pengolahan data serta pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; 
e. pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hukum, organisasi, hubungan masyarakat, serta kearsipan dan dokumentasi; 
f. penyelenggaraan pengelolaan barang milik daerah dan pelayanan pengadaan barang/jasa; dan 
g. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan.